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AccueilArticlesSeconde - Biologie  Unité chimique du vivant
Seconde - Biologie
  Unité chimique du vivant - TP/TD

Posté le 12 juin 2010 à 08:30 par FB  -  Info Auteur

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Une fiche d'activité (programmes 2010) à la norme "Activité en tâches complexes". L'objectif général étant, par comparaison et utilisation d'un visualiseur moléculaire, d'établir les grands traits de la nature chimique des molécules constitutives du vivant.  Sa courte durée (45 minutes) permet de l'associer, éventuellement, à une partie plus manipulatoire sur les constituants de la matière organique.

Cette fiche est au format OpenTBi... Elle peut donc être vidéo-projetée et/ou distribuée après impression. Dans ce cas, prendre soin de ne pas imprimer sur la même page les "Aides à la réalisation" (dernière sous-partie), ce qui conduirait à les distribuer avant que nécessaire.



Situation initiale - Problématique

Début 2010, le télescope spatial Herschel a découvert la signature spectrale de molécules organiques (prébiotiques) dans la nébuleuse d’Orion... A ce jour, environ 160 molécules organiques ont été identifiées dans le milieu interstellaire, dont certaines d'un niveau de complexité comparable à celui des acides aminés. (la plus grosse contient 15 atomes)

PROBLÉMATIQUE : La nature chimique des molécules constitutives du vivant est-elle particulière ?

 

Consignes de travail élève

[ Durée de l'activité :  45 minutes]

94 éléments chimiques sont observés sur Terre dans le milieu naturel mais dans des proportions très variables. Une quinzaine d'entre eux, ayant un abondance naturelle nettement supérieure aux autres, se retrouve dans la composition de la plus part des matériaux, pourtant de natures très diverses, présents sur Terre. Dans cette activité, vous devez déterminer les éléments chimiques constitutifs majeurs de la matière vivante et les comparer à ceux de la matière minérale. (non vivante)

Compétences - Capacités Domaines
Recenser, extraire et organiser des informations.
Exprimer et exploiter des résultats, à l'écrit, à l'oral, en utilisant les technologies de l'information et de la communication.
Comparer matière vivante et matière minérale.
s'Informer
aliser
Raisonner
Communiquer
Être Autonome
Être Responsable

 

Documents et données

1 - Un logiciel de visualisation des molécules en 3D permet d'afficher à l'écran des structures moléculaires dont on peut, entre autre, identifier la nature des atomes constitutifs grâce un code de couleurs. (Vous utiliserez le logiciel "Rastop", accessible par le chemin Logitheque/Seconde/Rastop/ et les fichiers de molécules suivants : Voir tableau de classe)

2 - Fiche d'aide Logiciel Rastop -  [voir]

3 - Voici les formules chimiques de quelques minéraux communs :

  • Quartz : SiO2
  • Plagioclases :  Ca Al2 Si2O8 à Na Al Si3O8
  • Olivine (péridots) : (Mg, Fe)2 SiO4
  • hornblendes (amphiboles) : Na Ca2 (Mg, Fe)4 (Al, Fe) (Si,Al)8 O22(OH)
  • Kaolinite (argiles) : Al4 Si4 O10 (OH)8
  • Dolomite (carbonates) : (Ca, Mg) CO3
  • Gypse (sulfates) : Ca SO4, 2H2O


RAPPELS CLG
: La matière vivante fraîche contient un part variable mais toujours importante d'eau (H2O). La matière sèche est constituée pour l'essentiel de molécules organiques appartenant à quatre grands groupes majeurs : glucides, lipides, protides et acides nucléiques.

 

Évaluation

Vous avez mené à bien la tâche demandée si :

  • En utilisant le logiciel, vous avez identifié les cinq ou six éléments majeurs constitutifs de la matière organique.
  • Vous avez comparé ces éléments à ceux des minéraux donnés en exemple afin de conclure.

 

Aides à la réalisation

Aide 1 : Dans Rastop, choisissez le mode de représentation "Sphéres". Quand on survole un atome avec le curseur, son symbole chimique est indiqué tout en bas (au centre) de la fenêtre du logiciel.

Aide 2 : Tableau périodique des éléments


Licence d\'utilisation  :  Cliquez !





4 commentaires


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par Hippocampe   -   le 05 juillet 2010 à 23:02

Bonjour

Je cherche la rubrique logithèque/seconde/rastop pour accéder aux fichiers des molécules RASTOP de ce TP. pouvez vous m'indiquer le chemin pour y accéder.

merci pour votre travail.

cordialement

OB



par FB   -   le 06 juillet 2010 à 09:25

Bonjour OB,

Rastop n'est pas disponible en téléchargement sur ce site... Mais on peut le trouver sur le site source (www.geneinfinity.org/rastop/) dans sa dernière version (2.2) ou, en traduction française sur celui de l'INRP. (ver. 2.0)

On trouvera des molécules (à télécharger au format .pdb) sur le site Libmol.

Avec quelques adaptations mineures, cette fiche TP doit s'adapter au logiciel Rasmol, si vous en disposez déjà. (des fichiers .pdb étant inclus dans le répertoire Bankmol)
 



par Hippocampe   -   le 06 juillet 2010 à 10:12

Bonjour FB

merci pour votre réponse rapide.

En fait, je maîtrise déjà quelques fonctions de RASTOP. J'utilise déjà RASTOP. Je cherchais juste les molécules dans la rubrique logithèque. Donc, je cherchais le chemin pour aller à la logithèque RASTOP et accéder aux fichiers de molécules.

Merci

 



par FB   -   le 06 juillet 2010 à 11:46

Re,

Je viens de mettre en téléchargement un "pack" de quelques molécules (format .pdb) dans la rubrique Téléchargements / Documents / Seconde". Certaines peuvent servir à cette activité. (choisir 2 G, 2 P, 1 ou 2 L et ARN => "CHONPS...")

C'est ici : www.labosvt.com/downloads-cat6.html


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